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How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison

机译:阈值行为如何影响子图用于网络比较

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摘要

Motivation: A wealth of protein–protein interaction (PPI) data has recently become available. These data are organized as PPI networks and an efficient and biologically meaningful method to compare such PPI networks is needed. As a first step, we would like to compare observed networks to established network models, under the aspect of small subgraph counts, as these are conjectured to relate to functional modules in the PPI network. We employ the software tool GraphCrunch with the Graphlet Degree Distribution Agreement (GDDA) score to examine the use of such counts for network comparison.
机译:动机:最近可获得大量的蛋白质间相互作用(PPI)数据。这些数据被组织为PPI网络,因此需要一种有效且具有生物学意义的方法来比较此类PPI网络。第一步,我们希望在子图数量少的情况下将观察到的网络与已建立的网络模型进行比较,因为这些子图被推测与PPI网络中的功能模块有关。我们使用具有Graphlet学位分配协议(GDDA)分数的软件工具GraphCrunch来检查使用这种计数进行网络比较。

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